Το Δημοτικό Διαμέρισμα Μιξορρούματος αποτελείται από τους 4 παρακάτω οικισμούς:
Πάνω Μιξόρρουμα
Κάτω Μιξόρρουμα
Αγία Πελαγία
Φραττί
Έδρα του Δ.Δ. είναι το Πάνω Μιξόρρουμα που βρίσκεται πάνω στον επαρχιακό δρόμο Ρέθυμνο - Σπήλι - Αγία Γαλήνη στο 23ο χιλιόμετρο. Ονομάζεται Μιξόρρουμα (παλαιό-κάτω) από τη θέση του πάνω στη συμβολή ρουμάτων (ρεμάτων) σμίξις ρουμάτων: Μιξόρρουμα.
Το Πάνω Μιξόρρουμα κατοικείται από κατοίκους.